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细胞质基质担负着一系列重要的功能。目前了解做多的是许多中间代谢过程都在细胞质基质中进行，癣精子器切片，如糖酸解过程、鳞酸戊糖途径、糖原的合成与部分分解过程等等。蛋白质的合成与脂肪酸的合成也在细胞质基质中进行。尽管人们对些代谢反应的具体生化步骤早已比较清楚，但对它们在细胞质基质中进行反应的细节，特别是反应的底物和产物如何定向转运的机制还了解得不多。细胞信号转导是细胞代谢及细胞增殖、分化、*和凋亡的基本调控途径。多种信号通路如何在细胞质中形成信号网络及各条通路中信号分子交谈知之甚少。
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典型植物细胞的细胞质可分为膜（质膜及液泡膜）、透明质和细胞器（内质网、质体、线粒体、高尔基氏体和核糖体等）。透明质为细胞质的无定型可溶性部分，其中悬浮着细胞器及各种后含物。质膜的细胞质的境界，紧贴细胞壁，切片，细胞壁有许多小孔，因此相邻细胞的细胞质的相互贯通的。质膜对物质的透过有选择性。液泡膜位于细胞质和细胞 液相接触的部位，与质膜形态结构基本相似。内膜网是散布在透明质内的一组有
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