蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，发酵蘑菇渣，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。

蘑菇渣是蘑菇生产后所余下的废料。由于其主要使用的是农作物秸杆等植物性原料合成，蘑菇渣，其粗蛋白、纤维素含量丰富，再经过发酵处理后，大部分粗蛋白及纤维已经分解，故是很好的有机肥料，而且在经过发酵以后，植物病菌已基本不存在，所以它是很安全的有机肥料。并且质量轻、软，运输和加工比较方便，蘑菇渣用途，也可以直接使用。日照沃力生物出售蘑菇渣、土薯渣、草木灰、*渣等等。

食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收。

原料中的粗蛋白含量是 2 – 8%，蘑菇渣供应，废料则为 7.2 – 9.5%；原料中的粗脂肪含量是 0.4 – 2.4%，废料则为 2.7 – 6.7%；又如原料中的粗纤维含量是 29.5 – 40.2%，废料则为 15 – 28.2%；再如原料中的木质纤维含量是 14.5 – 15.1%，废料则为 10.9 – 11.4%。