2006年，《财1政部 国1家税务总局关于企业技术*有关企业所得税优惠政策的通知》(财税〔2006〕88号)进一步对享受研发费用加计扣除主体进行扩围，在工业企业基础上，扩大到"财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等"。随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布，以及为贯彻落实国1务院关于行政审批制度改革工作的各项要求，主管税务机关审核批准制度被取消。2004年，国1家税务总局印发了《关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》(国税发〔2004〕82号)，明确研发费用加计扣除政策，阜阳研发费用加计扣除，改由*人自主申报扣除。

产生企业研发费用加计扣除现状问题原因是多方面的。除了研发活动认定难度较大，研发费用加计扣除政策比较复杂以外，还有*人的自律意识比较谈薄、税务师事务所的鉴证作用没有充分发挥等因素，更重要的是有些税务部门掌握政策的尺度偏宽，对企业申报资料的审核，研发费用加计扣除好处，往往采取“形式重于实质”的办法，主要依赖税务师事务所的鉴证报告，监管力度不够，研发费用加计扣除项目，影响政策执行的效果。

研发费用加计扣除与研发费用据实扣除两者既有相同点又有不同点。其相同点主要体现在如下方面:研发费用处理方式相同。企业实际发生的研发支出费用化与资本化处理的原则，按照财务会计制度规定执行。禁止税前扣除费用范围相同。行政1法规和国1家税务总局规定不允许企业所得税税前扣除的费用和支出项目，高企研发费用加计扣除，同样不可以加计扣除。核算要求基本相同。企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研发费用支出。