有机肥和生物有机肥都是经过加菌、发酵、除臭而成，都能增加土壤有机质，提高产量，提*的作用，都能缓慢释放养分，同时又以离子形式、氨基酸形式供给作物，减少化肥在转化过程中能量的消耗，直接参与了植物细胞的合成，植物生长快，干物质积累多，品质好的特点。现在的有机肥大多都是以羊、鸡、猪、牛粪发酵加工而成，生物有机肥，这些有机肥、生物有机肥在制造的过程中，都加入了大量的发酵菌素以供物料的腐熟和发酵。如酵田菌、芽孢菌、乳酸菌、纤维素等微生物菌剂，对粪中的磷、钾进行溶解，对*菌及纤维素加以分解，腐熟除臭。因而有有机肥、生物有机肥都具有改善根系生长环境，提高化肥利用率的作用。

秸秆通过非病原微生物作用还田具有提高土壤有机含量，生物有机肥价格，改善土壤物理性状，增加土壤微生物，使土壤变得松疏易于耕种，减少病虫草害的发生。正确使用生物有机肥，可以提高农产品的产量和品质，具有很好的生态效益和经济效益。因此，生物有机肥工厂化生产对畜禽养殖业、肥料加工和种植业都会产生良好的经济效益和社会效益。此外，有机肥产业的发展还可以从根本上解决有机废弃物对大气、水和土壤环境的污染，使农业生产走可持续发展的道路。

在实际生产中，化肥的利用率只有30%～45%甚至更低，未被利用的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接利用，生物有机肥厂，造成土壤酸化/盐渍化和板结等不良后果。当施入生物有机肥后，微生物有机肥，其有益微生物活动就能改善土壤结构，增加土壤保水保肥能力，从而减少养分的流失。加上有机质、有益微生物解磷解钾作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。