为重要的是微生物肥料还有*病抑虫效应。主要表现在3个方面，有些微生物肥料的接种作物后，由于在作物根部大量生长繁殖形成优势种群，除了自身的作用外，还能*或减少病原微生物的繁殖机会，有的本身就有拮*病原微生物的作用。同时，微生物肥料施入土壤后，微生物菌剂厂家，的次生代谢产物，如类物质、等可以*土著病原菌对植物根部的侵染。

可在作物播种前期做基肥使用。生物菌肥中的有益菌能拮*土壤中的病虫害，促进作物根系生长，增强作物，提高作物的*病、*逆能力，对作物苗期生长效果很好。生物菌肥在阴凉适宜的天气情况下施用。如清晨9点以前或下午4点以后，或者阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响菌肥的效果。既能保证增产，又减少化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。

如菌根*在土壤中大量生长，菌丝吸收大量的营养元素，微生物菌剂，还存储大量的水分，有利于作物*旱。土壤环境改善了，植物吸收营养充足均衡，微生物菌剂价格，*旱*病能力提高，农产品品质自然也就高了。据研究报道，施用微生物肥料后，蔬菜的含量可下降25.4～44.3毫克/千克，比对照降低21%;维生素C、糖分含量均增加10%。科学家还在黄瓜、番茄和韭菜上施用微生物肥料，发现这三种蔬菜的含糖量增加10%，其中葡萄糖和果糖分别增加20%和17%以上;粗蛋白、钾、维生素C含量均增加11%，总有机酸含量降低9%，盐含量降低8%。有些微生物还可以在土壤中释放生长素、、赤等，能够调控作物生长，进而提高产量。