施用复合生物肥料仍然有着不同的方法，结合下述所说方法进行施用将会事半功倍。采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧土中堆置3天，再装入育苗盘和做育苗订。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。

优点是可以改善土壤中的一些固定的营养元素，刺激根部的生长和吸收，也可以减少相应营养元素的施肥量。缺点是它没有任何的营养元素，它也不能长时间的提供农作物的营养元素。由于菌肥是由活菌结构成的，通常它是忌阳光直射的也不能和混施，对土壤温度、湿度、酸碱度、有机质含量等环境条件的要求亦较为严格。在水田或旱田也可均匀撒施于地表，复合生物肥料价格，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下曝晒。在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或埯播作物做种肥使用。刨埯后将拌有细土的生物菌肥施于埯中，再点种；机播时可将拌有细土或有机肥的菌肥放入施肥箱中，使开沟、施菌肥、播种、覆土、等作业一次性完成。

溶磷、钾菌如芽孢、青菌均可以溶解难溶磷。溶磷机理分泌有机酸等螯合矿物离子或降低pH值从而释放难溶性磷源，促进植物生长。溶钾机理分泌有机酸对矿物产生酸解和络合作用；分泌胞外物质堆积成生物膜，复合生物肥料代理，同时获取矿物质中的营养元素，河南复合生物肥料，微生物与生物膜可以增加矿物表面的持水作用，从而影响水岩反应速率；分泌胞外聚合物与*形成*-矿物复合体，逐步溶蚀释放离子；氧化还原过程使金属元素价态改变，与有机酸络合被植物利用。