市场上出现的各种生物肥料，实际上是含有大量微生物的培养物。它们可以是*或颗粒，也可以是液体状态。将它们施到土壤里，在适宜的条件下进一步生长、繁殖，一方面可以将土壤中某些难于被植物吸收的营养物质转换成易于吸收的形式，另一方面可以通过自身的一系列生命活动，分泌一些有利于植物生长的代谢产物，刺激植物生长。含固氮菌的菌肥还可以固定空气中的氮素，直接提供植物养分，不过目前各种菌肥能固定的氮素数量十分有限。

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有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，生物菌肥厂家，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，农业生物菌肥，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，****深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。

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