生态环境研究中心水质分析实验室于2010年11月30日经中心批准成立，是专门从事水质分析的检测机构。作为我国环境保护领域高层次人才培养的基地和高水平科学研究的中心生态环境研究中心近年来为我国重大环境问题的解决和可持续发展战略的实施提供了重要的技术服务和决策支持。
作为生态环境研究中心的对外窗口，水质分析实验室拥有多种的分析仪器，如气相色谱仪、气相色谱-质谱联用仪、超液相色谱仪、离子色谱仪、电感耦合等离子光谱/质谱仪等，可以测定饮用水中的108项水质指标和水体中3项毒理指标。水质分析实验室检测人员均经过培训持证上岗。秉承“管理科学；方法规范；数据准确；服务热情”质量方针，水质分析实验室以精益求精、追求的态度努力成为的水质检测分析平台，为社会大众提供公正、可信的检测结果。
