微生物对于土壤肥料的影响，是通过它们分解有机质和合成腐殖质的作用而实现的。在农业生产中，各种农业措施如深翻、中耕、施肥、灌溉、排水、轮作等，一方面直接****了土壤的水分、养分和空气等条件，同时也****了土壤中微生物的活动，因此，当我们对土壤微生物的活动有了一定认识后，就可用微生物学的观点去分析各种农业技术措施对于土壤肥力的影响，以便更好的利用微生物技术****农业增产。
微生物的反硝化作用，土壤中有不少*、*和*，具有*还原酶，能使*盐还原为亚*、氨或其他还原性氮化物，这种作用主要改变了氮素的存在状态，对土壤中的含氮量基本上没有影响。但是，有一类特殊的无芽孢小*，能使*盐还原，****后产生分子状态的氮，从而造成土壤氮素的大量损失，这种引起土壤脱氮作用成为反硝化作用，是土壤微生物的一种*作用。当土壤有机质丰富，土壤水分过多，通气不良，特别是土壤中*态氮较高时，就更容易发生这种不利作用。因此必须通过合理地施肥和耕作措施，经常保持土壤疏松通气，水田内不施用硝态氮化肥，以免造成不必要的损失。
微生物菌剂是因微生物生命活动而导致农作物得到特定的肥料效应的一类制品，是从土壤中筛选以至驯化出能****作物营养的微生物。它包括固定空气中分子态氮，将其转变为植物可利用态氮素的自主或共生固氮菌；在土壤中将矿物态植物不能利用的磷和钾转变为有效磷和钾的微生物，即磷*和钾*，以及能分泌出多种有益作物生长的刺激素和****的植物根圈促生*。总之，凡是能直接或间接****作物营养状况的微生物，将其制成菌剂或两种以上的复合微生物菌剂，直接加入到腐熟后的有机肥料中，均可作为菌肥或生物有机肥应用于农业生产。复合微生物菌剂掺混到有机肥料中施入土壤，都是为了****作物根际、叶面营养，****作物生长发育，增强作物*逆性，降低或**病原菌的存活，减轻作物病虫害。进而****作物产量，****农产品品质，因此，生物有机肥料具有与化肥不同的作用机理，在某些方面具有*作用。目前全世界至少有70多个*在研究、生产和应用微生物肥料。