因电压高，产热量大，必须装有冷却装置，否则热量可引起蛋白质等物质的变性而不能分离，还因发热引起缓冲液中水分蒸发过多，使支持物（滤纸，薄膜或凝胶等）上离子强度增加，以及引起虹吸现象（电泳槽内液被吸到支持物*都会影响物质的分离.另一种为常压电泳，产热量小，室温在10～25℃分离蛋白质标本是不被*的，无需冷却装置，一般分离时间长。

蛋白带偏斜常常是由于滤纸条或电****放置不平行所引起的，或由于加样位置偏斜而引起。

蛋白带过宽，与邻近蛋白泳道的蛋白带相连，这是由于加样量太多或加样孔泄漏引起的。

蛋白带模糊不清和分辨不佳是由于多种原因引起的。虽然梯度凝胶可以****分辨率，但与其他方法相比，常规聚****凝胶电泳是分辨率较低的方法。为了****分辨率，不要加过多的样品，小体积样品可给出窄带。加样后应立即电泳，以****扩散。选择合适的凝胶浓度，使组分得以充分的分离。通常靠近前沿的蛋白带分辨率不佳，所以应根据分子量与凝胶孔径的关系，灌制足够长度的凝胶，以使样品不会走出前沿。样品的蛋白水解作用也引起扩散而使分辨率降低。水解作用通常发生在样品准备的时候，系统中的内源性蛋白酶会水解样品蛋白，如果在缓冲液中加蛋白酶*可以减少这种情况的发生。

聚****凝胶电泳可用做蛋白质纯度的鉴定.聚****凝胶电泳同时具有电荷效应和分子筛效应，可以将分子大小相同而带不同数量电荷的物质分离开，并且还可以将带相同数量电荷而分子大小不同的物质分离开。其分辨率远远高于一般层析方法和电泳方法，可以检出10-9～10-12g的样品，且重复性好，没有电渗作用.